W katowni UB

Po powrocie i wizycie u rodziny Stanisław Skalski zgłosił swój akces do służby w Wojsku Polskim, tzw. Ludowym. Przyjęty bardzo niechętnie dostał się tam po długich staraniach i od 24 czerwca objął stanowisko inspektora techniki pilotażu, równolegle z Ukraińcem, byłym dowódcą 1 Pułku Lotnictwa Myśliwskiego „Warszawa”, majorem Wasylem Gaszynem.

 

Obserwując sytuację w Polsce, Skalski planował ucieczkę, jednak ta nie doszła do skutku. Pozostał w Polsce, coraz mocniej oplatany mackami bezpieki. Wraz z innymi lotnikami został zatrzymany przez Informację Wojskową 4 czerwca 1948 roku w kotle urządzonym w mieszkaniu Władysława Śliwińskiego. (Śliwiński, który w 1943 r. zniszczył 200 samolot niemiecki zaliczony na konto Dywizjonu 303, powrócił do Polski, gdzie został aresztowany i oskarżony o szpiegostwo na rzecz wywiadu brytyjskiego. Po procesie skazano go na karę śmierci i stracono.)

 

Skalski trafił na Koszykową, gdzie po wstępnym całonocnym przesłuchaniu przez por. Krawczyńskiego pozostał do końca miesiąca. Następnie przeniesiono go do Mokotowa, gdzie przez pierwsze miesiące nikt się nim nie interesował. Dopiero w marcu 1949 roku zajęli się nim płk Władysław Różański i podlegli mu ppłk Humer, ppor. Kobylec, ppor. Midro, ppłk Serkowski i mjr Szymański. W wyniku okrutnego bicia i innych tortur Skalski zaczął podpisywać obciążające go zeznania, jak się wydaje w części mu podłożone. 7 kwietnia 1950 roku został skazany na śmierć przez skład sędziowski, któremu przewodniczył mjr Mieczysław Widaj pełniący także rolę prokuratora. Wyroku nie wykonano, być może obawiając się międzynarodowego skandalu, jaki niewątpliwie wybuchłby po straceniu tak znanego bohatera wojennego. Skalskiemu sugerowano napisanie podania o łaskę, ale ten odmawiał, uczyniła to dopiero jego matka i w kwietniu 1951 roku Bierut podpisał stosowny dokument, zamieniając karę śmierci na dożywocie. Samego więźnia o tym nie powiadomiono, przeniesiono go tylko do Rawicza, a w październiku tegoż roku usunięto z korpusu oficerskiego RP.

 

W Rawiczu Skalski dał się poznać jako więzień niepokorny, wrogo nastawiony do władzy ludowej i źle oddziałujący na pozostałych więźniów, za co spotykały go liczne kary dyscyplinarne. Prośby o zwolnienie pisane zarówno przez Skalskiego jak i przez jego matkę konsekwentnie odrzucano. Po śmierci Stalina warunki w więzieniu zaczęły się poprawiać, Skalskiemu pozowlono też spisać swoje wojenne wspomnienia, wydane potem jako „Czarne krzyże nad Polską”. Dopiero 11 kwietnia 1956 roku Zgromadzenie Sędziów Najwyższego Sądu Wojskowego unieważniło wyrok i zrehabilitowało mjr. Stanisława Skalskiego. Po wyjściu z więzienia zaproponowano mu powrót do lotnictwa, ale odmówił, w związku z czym w lipcu przeniesiono go do rezerwy, a okres spędzony w więzieniu zaliczono na poczet służby w wojsku.

 

W listopadzie 1956 roku wraz z innymi lotnikami z Zachodu Stanisław Skalski został powołany do służby wojskowej. Na początku wyznaczono go na stanowisko kierownika sekcji historycznej przy Dowództwie Wojsk Lotniczych i Obrony Przeciwlotniczej Obszaru Kraju, ale w lutym 1957 roku mianowano inspektorem techniki pilotażu, w związku z czym Skalski przeszedł przeszkolenie na samolotach odrzutowych. W styczniu następnego roku trafił do pracy biurowej, przeważnie zajmował stanowiska kierownicze w działach tłumaczeń.

 

W 1968 roku przeniesiono go do służby poza wojskiem, pełnił funkcje kierownicze w Aeroklubie PRL, aż do przejścia na emeryturę w 1972 roku. Później niestrudzenie zajmował się pracą społeczną, głównie popularyzowaniem historii polskiego lotnictwa na licznych spotkaniach z młodzieżą.